En el sitio lardbucket.org hay una guia paso a paso para parchear ffmpeg con soporte para WebM/VP8, una vez finalizado el parcheo y recompilacion, convertir los video es tan simple como escribir:

ffmpeg -i video-a-convertir.ogg -threads 2 video-nuevo.webm

Nota: -threads 2 aconsejan poner como numero la cantidad de nucleos que tiene el cpu utilizado.

Nota2: Al momento de compilar obtuve el error “libavcodec/libvpxenc.c:266: error: ‘IMG_FMT_I420’ undeclared (first use in this function)”, si alguien obtiene ese error, yo lo pude solucionar reemplazando IMG_FMT_I420 por VPX_IMG_FMT_I420 .

Como etiqueta video html5 utilice sin problemas la siguiente:

<video controls=”controls”>
<source src=”/ruta/al/video.webm” type=’video/webm; codecs=”vorbis,vp8″‘>
</video>